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“我们的研究希望填补当前对动物携带微生物的认知空白，尤其是养殖哺乳动物。”粟硕表示，大多数人类病毒都源自动物传播，但究竟哪些动物携带何种病毒、这些病毒未来是否会对人类构成潜在威胁，目前仍存在较大不确定性，“如果能提前监测和预报这些病毒，并部署包括疫苗研发在内的综合防控措施，这对于新发传染病关口前移、保障人类健康至关重要。”

团队对来自5个动物目的哺乳动物进行了系统的宏基因组研究，鉴定了125种病毒基因组，其中39种可推定为新的病毒种，丰富了养殖哺乳动物携带病毒的种类。使用生态学地理分布、进化动力学、公共大数据等多学科交叉方法，团队遴选出诺如病毒、盖塔病毒等多种频繁发生“宿主跳跃”的潜在“风险”病毒，解析其跨物种传播规律，并从空间聚类、动物类群、种群、组织等多维度揭示了潜在“风险”病毒的生态学与流行病学特征。

下一代测序技术的成熟推动了全球基因组学的挖掘与共享进程，在既往的组学研究中，研究人员通常按物种或采样地点进行混样，从而初步解析病毒多样性。然而云开·全站app(kaiyun)，传统的混合样本测序无法清晰揭示个体之间或生态系统中不同组成部分之间的关系，还存在样本主要集中于粪便、难以区分环境污染等问题。此外，低丰度病毒面临基因组碎片化、片段化的挑战，混合样本难以实现病毒片段的精准分类，大大制约了病毒基因组的获取。

针对这些局限，团队设计了单组织单样本的建库策略，实现了在个体水平解析病毒共感染以及更灵敏的挖掘低丰度病毒。研究在166个单组织文库里鉴定到2种以上的病毒，发现星状病毒、细小病毒等与其他病毒频繁发生共感染。通过对低丰度病毒片段的精准拼接，避免了真阳性病毒因丰度阈值而被过滤，实现了多个病毒的90%基因组完成度。

近年来，复旦大学粟硕团队致力于应用多学科交叉技术进行新发病毒综合防控研究。此前团队已经在《细胞》（cell）杂志发表多篇论文，揭示了哪些动物携带和可能传播风险病原，讨论了针对公共卫生防控在未来可采用的宏基因组和多种交叉研究全新监测方法。2024年8月，团队应邀在cell上发表对全球高致病性禽流感a（h5n1）疫情防控的观点。文章针对h5n1在美国奶牛场暴发且出现突变病毒（pb2-e627k）外溢到四名奶牛场工人的案例云开·全站app(kaiyun)，强调了养殖动物是除禽类以外的人类感染的潜在前线，提出了在环境-动物-人类界面上跨学科研究、全景监测防控禽流感病毒的前沿观点。

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